fragmentiranje jezgre nastaje pod djelovanjem endonukleaza koje cijepaju lance DNA u manje fragmente (nukleosome).
cijela se stanica raspada u mnoštvo manjih dijelova
ti fragmenti razorene stanice dolaze u dodir sa susjednim stanicama dok ih fagocitozom ne unište tkivni makrofagi (apoptotičko tjelešce)
za razliku od nekroze koja izaziva upalnu reakciju i migraciju leukocita u zahvaćeno tkivo, apoptoza nije praćena akutnom upalom